本書で取り上げた主なソフトウエアツール、ウエブ情報

ポストゲノムシークエンス時代の研究者に必須のスキルを実践的なアプローチで解説しました。本書で取り上げた主なシステムやソフトウェアツール、ウェブ情報は以下のとおりです。

●データベース
PubMed、GenBank、TIGR、ExPASy、PDB、KEGG、…
●シークエンス解析
BLAST、FASTA、ALIGN、SEALS、SDSC生物学ワークベンチ、…
●アラインメント・モチーフ
ClustalW、Jalview、PHYLIP、PROSITE、COG、MEME、HMMer、…
●構造解析
STRIDE、TOPS、SCOD、CATH、CE/CL、naccess、GRASP/GRASS、PDF、…
●構造予測
CASP、Threading法、Modeller、McdBase、SWISS-MODEL、…
●プロテオーム
EnsEMBL、TIGR、MAGPIE、PipMaker、MUMmer、WIT、仮想細胞(VCell)、…
●構造視覚化
PDB、RasMol、SWISS-PDB Viewer、MolMol、VMD、MolScript、LIGPLOT、dimplot、…
●データの視覚化
xzgv、Ghostview、GIMP、TeXshade、GraphViz、gnuplot、XGobi/XGvis、S-Plus、Matlab、…
●データベースシステム(DBMS)
RDBMS、SQL、PostgreSQL、MySQL、Oracle、…
●コンピュータシステム
Unixコマンド、Linuxのインストール、ファイルシステム、正規表現、…
●プログラミング言語
Perl、R、…


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